El sistema de secreción tipo III es homólogo al flagelo bacteriano. Se asemeja a una jeringa molecular mediante la cual la bacteria (por ejemplo, ciertos tipos de Coli, Salmonella, Shigella y Yersinia) inyecta proteínas en las células eucariotas.

Una de las proteínas efectoras más importantes que inyecta E. coli enteropatogénica es Tir. Tir es inyectada a la célula eucarionte, esta migra a la membrana celular y funciona como un receptor para la bacteria, a través de esta proteína la bacteria puede unirse a la célula eucarionte. Esta unión se da mediante la interacción Tir-Intimina. Cuando se da esta unión se inicia una cascada de señalización en la célula eucarionte que produce un reclutamiento de actina, el cual es causante de la formación del pedestal, característica de la infección de E. coli en el intestino humano.